當今的商業環境下，由于客戶需求的多樣性和快速變化，以及競爭的加劇和復雜性，使得任何企業都面臨趨于復雜的挑戰，比如產品線越來越多和復雜，需要根據不同的細分市場來確定不同的服務部門。科爾尼公司認為，企業面對外部復雜性的挑戰，也只能以復雜性去應對。在公司尋求增長的過程中，復雜性的增加幾乎難以避免。未來的焦點必定在于對復雜性的管理，而不是簡單地減少復雜性。而傳統的職能型結構和層級結構是無法應對復雜性和快速響應的挑戰的，在這種情況下，矩陣結構以及與矩陣結構運作原理基本相同的項目型結構就成為必然選擇。
矩陣結構和團隊運作模式無疑是組織結構發展的方向，一方面企業需要橫向打通流程，快速響應客戶的需求，另一方面企業必須縱向做深，積累和提升能力，以支撐流程的有效運作。在矩陣結構下，跨部門的團隊負責圍繞項目的目標和任務開展工作，而功能部門/職能部門則關注資源和能力的建設，這樣形成一個交叉的相互配合機制，就象一張密密麻麻的大網一樣，能夠牢牢地抓住客戶需求，為客戶快速提供優秀的產品和服務，提升客戶的滿意度和忠誠度。
現代企業研發流程是典型的跨部門活動，就非常需要跨部門團隊運作。典型的研發矩陣組織結構中，包括如下跨部門團隊
集成組合管理團隊（IPMT，Integrated Portfolio Mgt. Team）是公司或事業部的高層管理團隊，該團隊領導通常由公司或事業部總經理擔任，負責產品戰略規劃和決策。
組合管理團隊（PMT，Portfolio Mgt. Team）負責根據市場分析制定市場規劃和產品規劃，并提交IPMT評審和審批。
產品開發團隊（PDT，Product Development Team）負責實施產品開發過程，并向IPMT提交投資決策建議。
技術開發團隊（TDT，Technology Development Team）負責產品技術的開發工作。
在銷售組織中，跨部門的矩陣化運作也隨處可見。K公司是一家通信設備廠商，客戶為各大運營商，銷售上主要采用大項目運作的模式，如下圖：
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以上是一種基本的矩陣結構形式，核心問題在于在這種結構下，項目經理該管什么，職能部門經理（上圖的銷售部經理、產品部經理等）該管什么，他們之間如何協作，即項目經理和職能部門經理的職責劃分和相互關系。根據項目經理與職能經理對項目的責權劃分的不同，人們把矩陣結構分為輕度矩陣、平衡矩陣、重度矩陣三種類別。下表是這三種矩陣結構的比較：
大量實踐證明，重度矩陣結構是績效最佳的結構類型，尤其對于比較復雜和跨部門協作量很大的情況下更是如此。但是，重度矩陣結構對職能經理的角色和思想的轉變是一個很大的挑戰。在傳統職能型結構或輕度矩陣結構中，職能部門主管既管人又管事，在矩陣結構下，職能部門經理需要把管事的權力交給橫向的項目團隊，專注于管人和資源，就象足球隊主管，不再管如何打好比賽，而是關注培養合格的足球隊員、研究最佳的體能訓練方法等。這好象削弱了職能部門經理的權力，而這也正是職能部門經理抵觸的關鍵所在。對于這一問題，應該換一個角度來看。過去，職能部門經理既管項目又管資源，由于各職能經理都在管項目，經常發生相互的爭執和扯皮，項目運作緩慢，結果項目沒管好，另一方面，職能部門經理也沒有充分的精力關注資源的建設，資源能力也得不到持續提升。所以，必須轉變工作模式，把項目管理的責任和權力交給項目經理，而職能部門經理通過專注資源的建設，可以更快更好地提高資源能力，更大地發揮他們在公司的作用和影響力。重度矩陣結構不僅強調橫向的項目和流程需要加強，同樣也強調縱向的資源和能力建設要加強，對公司整體而言，項目經理和職能部門經理都非常重要。
另外，項目經理向誰匯報？重大問題由誰來決策？這對矩陣結構的有效運作也至關重要。在很多情況下，項目經理被設置為向某職能部門經理匯報，如產品開發項目經理歸某產品開發部的經理直接領導，其實還是職能部門經理在管項目，職能化運作的固有問題無法克服。正確的做法是，項目經理應該向更高一級的主管或團隊匯報，該主管或團隊是在各職能部門經理之上的，并由他或他們做出項目的戰略性決策。而且，最好的方案是兩個層次的團隊運行模式，以產品開發為例：
這是一種真正的扁平化結構。在這種結構下，高層領導以跨部門團隊運作的方式，通過及時的戰略決策、充分的授權和對各部門資源的承諾及提供，有力地推動著項目矩陣團隊的有效運行。
除以上外，矩陣結構還需要績效評價、激勵機制、資源調配、項目計劃及監控等方面的配套管理措施。其實，不管采不采用矩陣結構，這些管理措施對于組織效能都是至關重要的，只是在矩陣結構下，需要對這些管理手段根據矩陣結構運作的目的和目標作出必要的調整。
矩陣結構的有效運作最終要落在文化的轉變上，那就是從傳統的職能型文化向團隊型文化、流程型文化轉變。在新型文化下，員工更加關注整體利益和客戶的滿意度，“這個地盤歸我管，你不能插進來”那種部門壁壘的思想被打破，以客戶為中心的思想真正體現在員工的言行中，各部門員工在橫向的矩陣結構中協同工作，團隊熱烈討論著業務流程的績效并尋找提高效率的方法，員工的角色意識和結果導向意識都大大增強。從整個公司層面來看，強烈的市場意識、高度的協作精神和卓有成效的運作系統掌控了矩陣結構的復雜性，企業得以有效應對外部復雜性的挑戰。